由于真嗣与美里是同源的关系，所以互不感染。
只有体内的使徒感染细胞处于活跃期，才具备传染能力。
很不幸，美里正处于这样的状态，玛雅才中招了。对本部而言不是什么大事，相当于中了流感，积极治疗即可。
经过更为细致的检查，真嗣处于稳定期，除非直接输血，否则没有危害他人的可能，一起吃饭、接吻什么的都很安全。
得到这样的结果，真嗣大松了一口气。他刚才跟绫波交换了亿万口腔菌群，如果因为他的缘故，将绫波给亲死了，那真嗣一定会发疯。
美里得知自己成了“毒人”，心情也十分抑郁。如今她的体征正常，也不能乱吃药，打破体内代谢环境的平衡。
离开了病房，两人又回到了办公室休息。
“美里，你不用这样子。跟获得的好处相比，这种小问题简直不值一提，不知道有多少女人想跟你换。”真嗣安慰美里道。如癌细胞扩散一般，美里的身体仍在不停地改造中。只不过，异化的细胞不像癌细胞一样光吃饭不干活，仍保持原来的作用，所以才能维持美里的正常生化代谢。
“话是这样说没错，但一想到我体内的血液淌着使徒的东西，就觉得恶心。”美里皱眉道。
作为第二次冲击的幸存者，父亲因使徒而死，还有数十亿人陪葬。以拯救人类为己任的美里，性格纯粹而固执，自始而终都与使徒势不两立。
“我知道，你对使徒有着刻骨的仇恨。”真嗣给她倒上一杯咖啡，继续道：“但是，将敌人的力量化为己用，不是很好吗？”
美里抬起头来，“真嗣，我不是对你……”
“我明白的，就算我是使徒你也不会讨厌我的，对吗？”真嗣道。
他变成这样子算是“工伤”，美里认为自己也有责任。
“你要是变成那种东西，我一定会亲手把你炸上天。”美里恶狠狠道。
“你舍得吗？”
“少臭美了！”美里将一个抱枕甩到真嗣脸上。
真嗣接住抱枕，横躺在手沙发上，“美里，你似乎对使徒的定义存在误解。在你眼里什么是使徒呢？”
美里呡了一口咖啡，答道：“就是那种身形巨大，具有核心，一出场就像痴汉一样往莉莉丝那里跑的怪物。”
“哈哈，这些条件我都没达到，所以你放心吧。”
“行了，天晚了，我要休息了。”折腾了大半夜，她早就累了。
“你不回公寓吗？”
“不了，几小时后就到上班时间了。”美里打算在里面的小床睡会儿就行。
“我也累了，今晚我就睡这里吧。”真嗣将抱枕当枕头，打算赖在沙发上不走了。
“不行，你必须回去！”美里一脚踹得他屁股蛋直颤。
这里耳目众多，真嗣与美里在办公室过夜，传出去恐怕很不好听。
最后，真嗣还是被赶了出来。
“这个狠心的女人，一点机会也不给。”他碎碎念着，忽然想到了绫波。
虽然检查报告没问题，但他还是担心绫波的情况。万一有口腔溃疡，还是存在很小的感染风险。亚当的意识竟然能连接她的意识，万一没事给绫波洗洗脑，很容易出事。所以他打算这段时间一定要死死盯住绫波，防止出现什么意外。
“冰刀，告诉我绫波的位置。”
“在最终教条区。”
“绫波去那个地方干嘛？”
“进行例行的身体维护。”
LCL 溶液具备强大的生命力，能修复绫波的身体部分损伤。
真嗣屏蔽了沿路的所有监控，通过层层隔离措施，才来到最终教条区，绫波的思维容器所在。
再次看到这个二十多层楼高的巨大设备，真嗣心头还是有些震撼。设备顶部有四个巨大的平台，上面布满了神秘的符文法阵，最底部是一个透明的圆柱体玻璃槽，内部充满了橘黄色的 LCL 溶液。
真嗣慢慢走近，发现一个身无寸缕的少女，正悬浮在溶液中间，发丝不规则飘散着。
绫波感受到了什么，睁开了眼睛，发现眼前突然出现了一个表情呆滞的少年。
“碇君，你怎么来了？”绫波有些羞赧地环住自己的胸口。
“啊十分抱歉！”真嗣赶紧转过身体，“我有些担心，所以过来找你。”
真嗣也没想到，所谓的例行身体维护会是这种场面，实在让他有些血脉喷张。
可喜的是，绫波竟然懂得害羞了。一开始的绫波如同一个没有自我的机器人，只知道执行上级的命令，即使光着身子被人打量，也不会有任何情绪波动。
“我没事，不用担心。”绫波的声音，通过 LCL 传入真嗣的听觉中枢。
“亚当没有再骚扰你吧？”
“没有。”
“下次如果他再找你说什么，一定要告诉我啊。”
“好。”
“你泡在里面还要多久啊，不用休息吗？”
“治疗要持续8小时。”
“那岂不是很无聊？”
“可以睡觉的。”
“这样啊……抱歉打扰你休息了。”真嗣席地而坐，靠在槽壁上。“今晚我就留在这里陪你吧，你继续睡。”
“不用了，碇君。”
“没关系，我也睡一会儿。”
很快，真嗣呼吸就变得均匀起来，真的睡着了。
绫波静静看着真嗣的背影，心头泛起阵阵涟漪，身体的伤病也仿佛消失无踪。过了一会儿，她也靠在真嗣那边的槽壁，两人背靠背睡着了，只隔着一层透明的玻璃。今晚的睡眠，让她格外安心。
……
端掉 SEELE 这个超级跨国组织之后，世界各国的权贵阶级都洋溢在争夺其遗留资产、技术的喜悦中。
尽管 SEELE 被狠狠阴了一把，不过各国分部被端掉之前，大量珍贵的资料都被销毁了。尽管如此，幸存的设备跟资产也让各国政府收获颇丰。
不过，关于死海文书外典记载的使徒与发动冲击的细节和真相，被永远隐瞒了。
之前有 SEELE 竭尽全力整合全世界的资源，将人类的力量通过 NERV 这个超级组织拧成一股绳，全力抵抗使徒入侵。
SEELE 彻底被剿灭后，各国的 NERV 分部分崩离析，各个山头的势力出于各自的利益考虑，开始互相扯皮、使绊子，使得抵抗使徒最前线的组织出现了裂痕。
尽管使徒一个比一个厉害，但统统有去无回，第三东京市以一城之力扛住了所有使徒的入侵。所以主导国际秩序的超级大国没有引起足够的重视。毕竟以岛国这么小的体量，消灭了那么多对手，看起来好像很轻松的样子，使徒们仿佛是来走过场送经验的。
直到合体使徒以及六号机的出现，一战几乎毁灭了整个伊豆半岛。富士山只是被余威波及，就被拦腰削掉了山头，并造成了火山大爆发，直接损失高达数百亿美金。人类终于彻底认识到使徒的恐怖之处，还有更恐怖的第三次冲击。
受此威胁，联合国在战斗结束的第三天就召开了紧急会议。
大国都启动紧急预案，决定封锁这种会引起社会大骚乱的消息，并联系各国(国力较大，科技实力较为雄厚，目前处于和平时期的国家)航空航天管理局召开紧急秘密会议。
